Bio"Pack"athon 2020 #2

イベント内容

Bio"Pack"athonについて

Bio"Pack"athon(バイオパッカソン)は、生命科学分野で利用されるデータベースや、データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、オープンソースで公開することを目的としたハッカソンです。 使用言語は、今のところR、Julia、Pythonを想定しています。

こんな方をターゲットとして想定しています:

  • 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの(例: データ、アルゴリズム)がある人
  • (主にBioconductorの)パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人

参加目的の実例としては下記のようなものがあります:

  • 例1: Bioconductorのauthorになりたい(そのためのRパッケージを持っている)がそのための手続きがわからない。
  • 例2: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
  • 例3: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
  • 例4: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
  • 例5: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
  • 例6: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい

SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。

会場(Zoom)について

  • Zoomを用います。本イベント用のZoom MeetingのURL(招待リンク)は、connpassの参加登録者へのメッセージ機能を用いてお伝えします(connpassの登録アドレスにメールが届きます)。Zoom Meetingの参加方法の概要はこちらの動画をご参照ください。

プログラム (第1部 [発表]) 18:00~18:50

18:00 ~ 18:10 西田孝三 「本会のすすめ方の説明」

18:10 ~ 18:30 佐藤建太 「Juliaパッケージングの今どきのやり方」

18:30 ~ 18:45 露崎弘毅 「R-4.0の解説」

18:45 ~ 19:00 西田孝三 「最近の Bioconductor のコミュニティ活動の紹介 (community advisory boardの経験から)」

プログラム (第2部 [もくもく会など]) 19:00 ~

19:00 ~ 各自のパッケージ計画の情報共有

19:10 ~ もくもく会 (主にBioconductorのパッケージ作成についての情報交換を行います。)

21:00 ~ もくもく会結果の共有

21:30 ~ 呑み会(その場の流れに応じて)

クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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注意事項

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