会の趣旨

Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）は、生命科学分野で利用されるデータベースや、 データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、 オープンソースとして公開することを目的としたハッカソンです。

そのハッカソンで行うこととしては、RのパッケージをBioconductorで公開することを主に想定しています。 (Julia、Pythonのパッケージとそれらのパッケージリポジトリ[PyPI, conda-forge]でも構いません。) またBioPackathonは http://bioc2020.bioconductor.org/workshops などの資料を日本語で説明し、 日本から新たなBioconductorへの貢献者を生むことを推し進めます。 さしあたっての目標は 「Bioconductorのpackage authorを増やし、2021年のBioC Asiaを日本で開催すること」 です。

「Bioconductorがいかなるものか」や「そのコミュニティ」については本スライドを御覧ください。

Bio"Pack"athonは毎月第2水曜の夕方5時からZoomを用いて行います。 ZoomのURLはconnpassの「参加者への情報」機能により本イベントページに表示されるようになっています。 (「参加者への情報」は参加登録者と発表者のみに公開されます)

海外から参加してくださる方がいる場合はGoogle MeetとそのLive Captions機能を用いる予定です。

Bio"Pack"athonはBioconductorからBioconductorのコミュニティイベントの一つとして認識されています。 (Bioconductorの公式イベントカレンダーを参照するには こちら をクリックしてください)

スケジュール

17:00 ~ 17:10, BioPackathonの紹介 @kozo2

17:10 ~ 17:40, BioC2020のワークショップの一つ「Introduction to Bioconductor annotation resources」の日本語訳の紹介 @kozo2

17:40 ~ 18:00, コード、データ、計算環境をまるごと公開するサービスCode Oceanの紹介 @ antiplastics

18:00 ~ 19:40, パッケージ開発 (パッケージ計画の情報交換、質問など)

19:40 ~ 20:00, まとめ