会の趣旨

Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）は、生命科学分野で利用されるデータベースや、 データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、 オープンソースとして公開することを目的としたハッカソンです。

そのハッカソンで行うこととしては、RのパッケージをBioconductorで公開することを主に想定しています。 (Julia、Pythonのパッケージとそれらのパッケージリポジトリ[PyPI, conda-forge]でも構いません。) またBioPackathonは http://bioc2020.bioconductor.org/workshops などの資料を日本語で説明し、 日本から新たなBioconductorへの貢献者を生むことを推し進めます。 さしあたっての目標は 「Bioconductorのpackage authorを増やし、2021年のBioC Asiaを日本で開催すること」 です。

「Bioconductorがいかなるものか」や「そのコミュニティ」については本スライドをご覧ください。 「Bio"Pack"athonの紹介」は本スライドをご覧ください。

Bio"Pack"athonは毎月第2水曜の夕方5時からZoomを用いて行います。 ZoomのURLはconnpassの「参加者への情報」機能により本イベントページに表示されるようになっています。 (「参加者への情報」は参加登録者と発表者のみに公開されます)

海外から参加してくださる方がいる場合はGoogle MeetとそのLive Captions機能を用いる予定です。

Bio"Pack"athonはBioconductorからBioconductorのコミュニティイベントの一つとして認識されています。 (Bioconductorの公式イベントカレンダーを参照するには こちら をクリックしてください)

これまでの活動の記録は https://sites.google.com/view/biopackathon/ をご覧ください。

スケジュール

17:00 ~ 17:10, Bio"Pack"athonの紹介 @kozo2

17:10 ~ 17:30, 画像解析関連のRパッケージについて〜ANTsRNetを使った画像解析の話も〜 @skume

17:30 ~ 17:45 「社内microbiomeデータ可視化ツールcynyのその後のdevelop」 @satopan_wa

17:45 ~ 19:30, パッケージ開発 (開発計画の共有、それに関する質問など)

19:30 ~ 20:00, まとめ