Bio"Pack"athon 2020 #3

イベント内容

Bio"Pack"athonについて

Bio"Pack"athon(バイオパッカソン)は、生命科学分野で利用されるデータベースや、データ解析手法を、各種プログラミング言語のパッケージとして実装し、オープンソースで公開することを目的としたハッカソンです。 使用言語は、今のところR、Julia、Pythonを想定しています。

こんな方をターゲットとして想定しています:

  • 普段から生命科学のデータに携わっており、パッケージ化したいもの(例: データ、アルゴリズム)がある人
  • (主にBioconductorの)パッケージング作業がメインなので、当日何をパッケージ化するか決まっている人

参加目的の実例としては下記のようなものがあります:

  • 例1: Bioconductorのauthorになりたい(そのためのRパッケージを持っている)がそのための手続きがわからない。
  • 例2: 独自解析手法を開発したので、パッケージにして広く色々な人に使ってもらいたい
  • 例3: Pythonで実装されたあるアルゴリズムを、Juliaパッケージとして再実装したい
  • 例4: あるデータベースとのインターフェースをRパッケージで実装したい
  • 例5: ラボ内で蓄積された独自データを、パッケージとして外部に公開したい
  • 例6: 独自データを既にデータベースとして公開しているが、パッケージとしても公開したい、APIでもデータ取得できるようにしたい

SlackにBiopackathonのワークスペースがあります。参加登録前のご相談などありましたら招待リンク からお気軽にご参加ください。

オンライン会場について

ZoomもしくはGoogle Meetを用います。(どちらかを用います。どちらを用いるかは検討中です。) 招待リンクはconnpassの参加登録者へのメッセージ機能を用いてお伝えします(connpassの登録アドレスにメールが届きます)。

注意事項

第1部の模様は録画し、 biopackathon のYouTube チャンネル で後日公開します。

第2部の模様は録画しません。

第2部の情報は biopackathon の HackMD team で公開しています。

プログラム (第1部 [発表]) 18:00~18:50

18:00 ~ 18:10 西田孝三 「BioPackathonの紹介」

18:10 ~ 18:30 西田孝三 「GitHub ActionsでBiocCheckしよう」

18:30 ~ 18:50 未定 「未定」

プログラム (第2部 [もくもく会など]) 19:00 ~

19:00 ~ 各自のパッケージ計画の情報共有

19:10 ~ もくもく会 (主にBioconductorのパッケージ作成についての情報交換を行います。)

21:00 ~ もくもく会結果の共有

21:30 ~ 呑み会(その場の流れに応じて。他愛なく近況を話しつつ開発します。お好きなドリンクを持ってどうぞ。)

クリエイティブ・コモンズ・ライセンス
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