Bio"Pack"athon 2021 #7

Bio"Pack"athon（バイオパッカソン）は、バイオのソフトウェアパッケージを作ることを推進するコミュニティです。

作るパッケージは主にBioconductorを想定しています。 (ただしCRAN, conda, PyPI, JuliaのパッケージでもOKです。) Bio"Pack"athonはBioconductorからBioconductorのコミュニティイベント(http://bioconductor.org/help/events/)の一つとして認識されています。

会の趣旨は日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第39号の7ページ目をご覧ください。

この回からBio"Pack"athonは変わります。 これまでは(主にBioconductor)パッケージの「作者を増やすこと」に注力していたのですが これからはパッケージ「作者となることに興味を持っていただくこと」に注力します。

これは

• ある程度パッケージ作者がBioPackathonから生まれた(その人達とはもうPackathonでパッケージングのノウハウを共有する必要が減った)
• 上記のコミュニティメンバーだけが常連のコミュニティとはしたくない
• 主に新たに加わられるメンバーに有益な情報を提供することにフォーカスしたい

といった背景からです。

新たな方針の会の第一回は Annotation Hubパッケージを再び紹介します。 これはこの話題が最もtwitterで注目を受けていたと思われるためです。 日本から生まれたAnnotation Hubパッケージの実用例も交えて新たなメンバーに向けた情報発信を心がけます。

またこれまで行っていたPackathon中の開発を廃止し、 新たなメンバーからの質問等を集めるための気軽な雑談に置き換えました。

(特に今後の)BioPackathonは「敷居が高くはありません」ので、ぜひお気軽にご参加ください。

ZoomのURLはconnpassの「参加者への情報」機能により本イベントページに表示されるようになっています。 その情報は

• 参加登録者でないと見れません
• connpassにログインしないと見れません

ご注意ください

スケジュール

17:00 ~ 17:10, Bio"Pack"athonの紹介 @kozo2

17:10 ~ 17:40, BioconductorのAnnotation Hubパッケージ(日本から生まれた複数実例の詳細も交えて)

17:40 ~ 18:10, データ前処理の便利関数einsumの解説 @antiplastics

18:10 ~ ???, 気軽な雑談

雑談議題案リスト

• AnnotationHubのデータがどのようなワークフローに使われているのかをざっくりつかむ方法はある?