「ゼロから実践する遺伝統計学セミナー〜疾患とゲノムを結びつける」を読む・手を動かす⑨

2020/10/03(土)13:00 〜 15:00 開催

ブックマーク

#Git, #Python, #Windows

イベント内容

京都をベースにする「はんなりPythonの会」は

オープンでフラットなプログラミングコミュニティ
初心者からエキスパートまで集まれる
交流のハブになる
交流する

ことを主な目的に普段活動しています。会として初の読書会を定例会とは別にオンライン開催いたします。京都以外の地域からの参加も大歓迎いたします。

はんなりPython

ブログ: https://hannaripython.hatenadiary.com/
Gitter: https://gitter.im/hannari-python/Lobby
Scrapbox: https://scrapbox.io/hannari-python/

概要

今回読む本

「ゼロから実践する　遺伝統計学セミナー　疾患とゲノムを結びつける」（岡田随象／著：羊土社） https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758120920/index.html

なお、本の選択にあたっては本会が自発的に行ったものであり、出版社・著者とは一切の関係がないことをお断りしておきます。

開催形式

場所：各自の好きな場所！
隔週の土曜日午後,２時間
基本、1章/回　(全10章)
発表者による章の要約とハンズオン

オンライン開催します。 Google Meetを使います。URLは、以下の２つの方法で確認できます。

1. 参加申し込みが終了すると、本ページ募集定員欄の下に新たに「参加者への情報 (※参加者と発表者のみに公開されます)」欄が追加されます。ここでご確認下さい。 2. 事前に申し込み者にのみ Connpassのメール でお伝えします。

入室方法は、URLのサイトにアクセス > 会議コードを入力 > 管理者の承認後入室完了　となります。入室時にトラブルがあればGitterへ問い合わせ下さい。

[#####対象

本書の「はじめに」で著者は次のように記しています。

『遺伝統計学・夏の学校＠大阪大学』を開催しています．夏休みの3日間を使って，遺伝統計学の座学から，Linuxコマンドの使い方，プログラミングや統計解析ソフト入門，実際のゲノムデータを使った演習まで一通り実施する，短期実践セミナーになります．『ゲノムデータ解析って思ったより簡単なんだ』と感じてもらうことを目的に開始したこのセミナーです. (中略) 本書は，「遺伝統計学・夏の学校＠大阪大学」における実際の演習内容に沿った形で構成されています．遺伝学やバイオインフォマティクスを習ったことのない初心者を対象に，入門書としての位置づけを目指しています．本書を通じて基礎を固めた後は，より詳しい専門書やインターネットを通じて，最新の知識を習得していただければと思います．この本が，遺伝統計学の世界を覗いてみたいと考えている皆さんの，最初の一歩になれば幸いです.

これを読んで、

-コマンドライン操作、プログラミング、統計解析、遺伝学やバイオインフォマティクスのうちの何れか/全てに馴染みのない人 -何れかが得意で応用の幅を広げたい人

が「最初の一歩に」したいと感じたなら、対象者です。

今回の内容

時刻	内容	発表者
13:00	あいさつアイスブレイク
13:10	発表枠１ &質疑応答
13:50	発表枠２ &質疑応答
15:00	閉会

本書目次 https://www.yodosha.co.jp/bookdata/9784758120920/9784758120920_contents.pdf のうち、

(発表枠１) 第８章　３節　（遺伝子発現量を対象としたeQTL解析）
(発表枠 2 ) 番外編　論文紹介（GWASの実際例、ヒトGWASとマウスeQTL解析の統合研究）

を行います。前回に続き８章の残り３節のeQTLを読みます。これまでの内容と異なり、遺伝子発現量に着目したアプローチについて学びます。後半は番外編として２つの論文を通じて実例を紹介します。

今回もPLINKのコードを動かす箇所が一部あります。予め出版社サイトから、テキスト「本書の使い方」に従ってサンプルデータをダウンロードしておいてください。

本書ではin上でCygwinを使用することになっていますが、今回は使いません。 WindowsについてはWSL2でUbuntuが動くようになりましたのでCygwinは役割を終えたと判断しました。今回の読書会の内容であれば、AnacondaとR, RStudioのインストールで対応できます。 WSL2を使用する場合は以下のQiita記事を参考に事前に設定してください。 https://qiita.com/yoshige/items/dbc85b048fba51e597ee https://qiita.com/yoshige/items/7a17bb7a3582d72a7e48

発表者は本文の要約、自分のバックグラウンドを活かした補足をお話しください。
当日の発表資料は当日参加者の間でのみ共有させていただければと思います。

事前準備

書籍は各自で購入してください。

周辺ノイズ・ハウリング防止の目的上、ヘッドセットかイヤホンマイクあるいは「PCマイク＋イヤホン」をご用意ください。「PCマイク＋内蔵スピーカー」は不可（内蔵スピーカーの音を拾うので大変聴きづらくなります）。アイスプレイク（自己紹介）と発言時にはできれば顔出ししていただければと思いますが、Google Meetは背景をぼがす設定はありませんのでご注意ください。お子さんがいる自宅からの参加も想定されますが、お子さんの映り込み、大歓迎です。なごみます。

PC : Mac, Windows10, Linux 何れかのOSで動くPCを御用意ください。また内蔵ディスクの空き容量は十分に確保しておいて下さい。
通信環境 : 光回線に接続したLANかWi-Fi (スマホでのテザリング・mobile Wi-Fiルーター不可 )